علت اصلی رحلت سید روح‌الله خمینی «ایست قلبی» اعلام شد، بنا به گفته محمدحسین خوشنویس، عضو گروه پرستاری از آیت‌الله خمینی، «او در یک‌ماهه آخر حیات به سرطان معده مبتلا شده بود و پس از دومین مرتبه تزریق داروی شیمی درمانی، دچار سکته وسیع قلبی شد و درگذشت.»

حسن عارفی، سرپرست گروه پزشکی رهبر پیشین ایران، در مصاحبه‌ای با یکی از نشریات چاپ ایران گفت که «بیماری سرطان معده آیت‌الله خمینی زمانی آشکار شد که او اعلام کرد: اجابت مزاجش به شدت تیره است».

وی در اواخر شب، ۱۳ خرداد سال ۱۳۶۸، (۳ ژوئن ۱۹۸۹) برابر با ۲۴ شوال ۱۴۰۹، در ساعت ۲۲ و ۲۰ دقیقه در سن ۸۶ سالگی درگذشت.^[

حواشی تشیع جنازه

مراسم تشییع وی در روز ۱۶ خرداد برگزار و همان‌روز در بهشت زهرای تهران به خاک سپرده شدکه امروزه محل آرامگاه وی می‌باشد. مراسم تشییع وی دارای رکورد گینس بزرگترین تشییع جنازه جهان است که بنا یر گزارش‌های رسمی در ایران ده میلیون و بنا به گزارش رسانه‌های غربی دو میلیون نفر در آن شرکت کردند.

در جریان تشیع جنازهٔ وی به علت هجوم جمعیت کفن وی پاره می‌شود. تصویر این لحظه توسط عبدالحسینی که مشغول به عکس برداری از مراسم بود ضبط می‌شوند.